由于定位于WS工作站级主板而非顶级游戏系列，华硕Z7S WS和Skulltrail的设计理念有些区别，虽然同样使用Intel 5400芯片组，支持双路LGA 771处理器，但Z7S WS没有使用NVIDIA的MCP芯片，因此无法对SLI提供支持，仅能实现Crossfire。另外，它和D5400XS的区别还包括，拥有六条FB-DIMM内存插槽（D5400XS为4条），三条PCI-E x16插槽，两条为PCI-E 2.0 x16，一条为PCI-E 1.1并且仅有8x带宽。另外，它的扩展槽还包括一条PCI-E x1，一条PCI-X和一条PCI 2.2，用来支持工作站专业及应用。

华硕Z7S WS的散热系统也经过了华硕的特别设计，专门为内存插槽提供了主动散热系统。另外，其CPU散热设计仅能支持Xeon处理器专用的LGA 771散热器，而不能像Intel X5400XS主板一样支持普通LGA 775散热器。

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